Pada 1961, dia belajar di Akademi Tentera Pakistan di Kakul dan pada 1964 bertugas di Regimen Artilleri (16(SP)). Unit ini bertempat di Bahawalpur. Seterusnya menyetai Regimen Gerak Khas dan dihantar ke pos Regimen Medan Artileri. Beliau merupakan graduan Kolej Staf, Quetta, dan Maktab Pertahanan Negara, Rawalpindi. Musharraf juga pernah belajar di Kolej Diraja dalam Kajian Pertahanan di United Kingdom. Pada 1965, Musharraf menulis memoir yang mendedahkan beliau pernah dituduh mngambil cuti secara tak sah. Sebenarnya beliau cuba mengelak daripada berperang dengan India.

Sengketa India-Pakistan

Musharraf terlibat dalam Perang India-Pakistan 1965 sebagai leftenan dalam Regimen Medan Artileri 16(SP).Beliau pernah bertempur di sektor Khemkaran menentang tentera India. Lokasi ini menjadi banyak kereta kebal Pakistan telah dimusnahkan. Pertempuran ini dikenali dengan nama Pertempuran Asal Uttar di mana Pakistan kehilangan banyak kepentingan. Regimen beliau kemudian dipindahkan ke barisan depan Lahore.

Selepas Perang India-Pakistan 1971, Musharraf bertugas sebagai Komander Company dalam Batalion Komando SSG. Kemudian beliau memimpin Regimen Artileri dan Briged Artileri dan pindah ke Division Infantri. September 1987 ketika berada di kem Khapalu, Kashmir, beliau bertindak menangkap Bilafond La di kawasan Glasier Siachen.

Beliau dinaikkan pangkat kepada Major Jeneral pada 15 Januari 1991 dengan tugasan di Divisyen Infantri.

Setelah perletakan jawatan General Jehangir Karamat, Musharraf dipromosi sebagai Panglima Angkatan Tentera Pakistan oleh Perdana Menteri Pakistan ketika itu, Nawaz Sharif.

Perang Kargil

Pada Mei-Julai 1999 terjadi Pertempuran Kargil di wilayah Kargil, Kashmir antara tentera India dan tentera Pakistan.